Препараты бактериофагов должны отвечать всем требованиям безопасности и не иметь бактериальных или иных токсических загрязнений. Современные технологии изготовления фаговых препаратов предусматривают высокую степень очистки от продуктов жизнедеятельности бактерий, эндо- и экзотоксинов, продуктов фаголизиса бактериальных клеток. Подтверждением этому могут быть исследования препаратов по определению бактериальных эндотоксинов, энтеротоксинов и др. в соответствии с особенностями изучаемого препарата.
Методы очистки препаратов должны быть подробно описаны, обоснованы и включены в отчеты по результатам доклинических исследований.
Подтверждение безопасности препаратов бактериофагов включает в себя изучение токсичности (острой и хронической), местного и аллергизирующего действия.